肥料是植物的“糧食”，微生物肥料與有機肥、無機肥三者構成了肥料的總體，對作物的生長起著不同的促進作用。
有機肥是農業生產的基本保證部分，是我國幾千年來農業的基礎肥料，它不僅可以為農作物提供全面的營養，促進作物生長，而且還可以改良土壤的物理、性化學和生物狀，熟化土壤，培肥地力。但是，施用有機肥料，只可以維持土壤肥力和一定的生產能力，難以提高單位面積產量和不斷增長的人口對于糧食的需要。化學肥料含有豐富的速效養分和能量，合理使用化肥，可以大幅度提高農作物產量，在農業持續發展的現階段，是農業促產不可缺少的重要手段。
微生物肥料新版定義為：“是指特定生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含的微生物生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，改善農產品品質及農業生態環境。”這一定義明確指出微生物肥料是一種有機生物活體，一種新型肥料。微生物肥料不僅為農作物提供了生長所必需的各種營養元素，而且還可以增加土壤中有益微生物酌活性，同時還可以克服使用化肥過量和不平衡施肥所造成的種種弊端。
微生物肥料又擔負著土壤有機質向腐殖質轉化的重任，增加土壤的團粒結構，提高土壤的保肥保水能力，活化被土壤固化了的養分，提高化肥的有效利用率。同時，微生物肥料中有益微生物還會向土壤分泌各種有益物質、生長刺激素、吲哚乙酸、赤霉素和各種酶，從而有效的促進養分的轉化，減輕土壤傳播性冰海地發生，修復被污染的土壤。
因此，微生物肥料可以說是綠色農業和有機農業的理想肥料，在當前的農業可持續發展中有著廣闊發展前景和巨大的農業增產潛力。
