一、受管制的化肥價格與上下游價格放開的矛盾
化肥是農業生產所需的主要生產資料，其價格直接影響到種糧成本、影響到糧價、進而影響到社會的穩定，因此，長期以來國家對化肥價格的變化格外關注：只要肥價大幅上漲，肯定會出臺調控政策和限價措施。
然而，與化肥有關的上下游產品（原料、能源）的價格已經放開，上游原材料價格上漲，化肥成本就會上升。近兩年煤炭、天然氣、磷礦石、硫磺、硫酸等價格均大幅上漲，特別是進口硫磺、鉀肥的漲幅十分驚人，導致化肥的生產成本成倍增加。由于對化肥實行限價，化肥成本的上升無法向下游轉移。化肥限價破壞了價格形成機制，人為割裂了上、中、下游產品之間的價格鏈。雖然國家的限價也會適當調整，但因程序復雜、幅度有限、時間滯后，使企業無法適應市場競爭。
在這種情況下，企業往往在尚能承受時盡量執行國家限價，但隨著成本的繼續上升，則會采取變通的方式上調價格，使限價名存實亡。如目前仍在實行的1725元（噸價，下同）的尿素最高出廠限價，但尿素實際價格已達2300元甚至更高。再如二銨春耕時的最高出廠限價是4100元，而實際則達4400元以上。而且，由于企業變通漲價是違規行為，故漲價的時間、數量、幅度、范圍、對象等均受制約，企業無法將真實的成本完全向下游轉移。
二、原料、能源、運輸的政策優惠價與正常市場價并存的矛盾
目前，大型化肥企業生產用電、用氣享受計劃內的優惠價，化肥鐵路運輸享受2號特殊優惠價，并免征鐵路建設基金，這幾項優惠政策每年將使化肥企業受惠約150億元。但隨著煤炭、石油、天然氣、電力價格的逐步放開，形成了現實中的“價格雙軌”。由于計劃價大大低于市場價，原料、能源企業不愿將產品賣給享受優惠價格的化肥企業，使化肥企業用電、用氣難以保障，導致生產不能滿負荷。而鐵路部門在運力緊張時，同樣會優先安排運價較高的煤炭、鋼鐵運輸而使化肥運輸受到影響。
三、“一刀切”限價與化肥價格地區差、季節差的矛盾
政府對化肥限價往往采用“一刀切”的方式，但由于化肥企業的生產工藝、原料路線不同，他們的成本差異很大。以尿素為例，煤頭尿素企業的成本最低，氣頭企業次之，油頭企業成本最高。2007年以前，三類尿素企業的成本每噸相差400~500元，油頭企業的成本在1700元以上，煤頭企業只有1300元。而不同成本的企業同樣執行1725元出廠限價，油頭企業就會虧損。
此外，在不同的季節化肥價格是有漲有落的，淡季價格低，旺季價格高。由于企業在淡季儲備化肥要增加成本，因此在淡季結束后的用肥旺季適當提高肥價完全是合理的。但化肥價格的這種上下波動，漲的時候就可能超過限價，而只要超出限價就是違規。因此，“一刀切”的限價方式既削平了不同企業化肥價格上的地區差，使因客觀原因導致成本較高的化肥企業經營效益下降，甚至出現虧損；又使化肥價格不能真實反映供求關系的變化，使生產、流通企業淡儲化肥增加的成本在價格上得不到體現。
四、國內相對穩定的肥價要求與國際價格大幅飚升的矛盾
為了保障國家的糧價穩定和糧食安全，我們要求國內的化肥價格相對穩定。但近兩年來，國際市場化肥及其原料價格大幅飚升，嚴重影響了國內化肥成本、價格的穩定。目前國際市場二銨FOB價格達到1200美元，尿素FOB價格達到700美元。這吸引著國產尿素、二銨、一銨大量出口，造成國內化肥資源不足，價格飚升，影響了農業生產，而嚴重依賴進口的鉀肥、硫磺資源則成為國內本輪化肥價格大幅飚升的罪魁禍首。一年多來，進口氯化鉀價格上漲2倍，達到現在的5000元；進口硫磺價格上漲10倍，達到現在的6000元，這使二銨成本大幅上漲到目前的4600元以上。而國際煤炭價格大幅上漲也帶動國內煤價的上漲，使尿素企業成本壓力與日俱增。
雖然我們對化肥進行限價，但是鉀肥、硫磺價格飚升帶來的化肥成本上漲卻無法控制，化肥成本的不斷上升就會推動肥價不斷上漲，最終使政府限價名存實亡。
五、氮肥、磷肥產能過剩和國內需求有限的矛盾
今年4月中旬，國家出臺了對所有化肥加征100%臨時出口關稅的政策，并要求鐵路部門4月30日前不得安排化肥出口的運輸。這一措施將源源不斷的出口化肥封堵于國門之內。
其實，國家當然知道國內尿素、二銨、一銨、復合肥產能都不同程度地過剩(尿素多出600萬噸、二銨多出200萬噸、一銨多出350萬噸)，一旦出口堵死，肯定不利于化肥企業正常的生產經營，化肥行業的發展也將受到較大的影響。適時、適量地出口部分化肥有利于企業做好生產平衡和余缺調劑，有利于企業的平穩發展。但是，2007年以來，國際化肥價格猶如一匹脫韁的野馬，雖然國家三番五次提高化肥出口關稅，但仍無法阻止化肥的大量出口。可見，如何保證化肥出口統而不死、合理分流，既可適當消化國內過剩的化肥產能，又能避免國內化肥供應不足、肥價大幅上漲，需要國家主管部門、業內人士共同的智慧。
