一、農藥行業整體水平不高，發展后勁不足。國內現有農藥生產企業規模普遍較小、生產裝備比較落后、仿制產品較多，與世界農藥產品高活性、高安全性、高效益以及環境保護的要求存在較大差距。此外，我國農藥生產企業在藥品分析、質檢、生測、毒理等方面的研發投入較少，研發水平較低，沒有完善的創新體系，發展后勁明顯不足。
二、企業環保意識淡薄，環境保護壓力較大。目前，國內部分農藥企業環保意識淡薄，通過降低環保標準等手段降低生產成本，在生產過程中違規排放現象嚴重，對生態環境造成較大的破壞。
三、農藥安全性評價體系有待完善。隨著對綠色環保食品的需求不斷增加以及環境保護意識的日益提高，國際社會對農藥的安全性也提出了更高要求。由世界經合組織（OECD）制定的農藥良好實驗室規范下的安全性評價國際互認體系已經在其成員國內得到互認，部分非成員國如印度、巴西、俄羅斯等國也在積極申請加入。但是目前我國農藥毒理、殘留等試驗數據尚未得到國際認可，在參與農藥殘留限量國際標準的制定和解決農產品國際貿易爭端等方面都難以掌握主動。
