微生物農藥是生物農藥的主要組成部分和重點研究方向，其開發與應用在生態農業中扮演著核心的角色。目前我國微生物農藥利好因素頻現。一是高毒農藥禁用力度不斷加強，7月初，農業部宣布禁用22種高毒農藥，其中2011年底前將禁用和淘汰其中的苯線磷等10種高毒農藥，上述農藥年產量約為5萬噸，市場空缺將需要高效低毒農藥補充。二是近年來食品安全問題頻發，引起對現行的農藥殘留標準全面修改與更新，許多地區鼓勵和補貼使用生物農藥。三是新出臺的農藥“十二五”規劃和6月開始執行的《產業結構調整指導目錄（2011年本）》均明確指出鼓勵發展生物農藥。
因此微生物農藥被寄予重任，業內人士預計短期內我國微生物農藥將取代20％以上的化學農藥。目前我國微生物農藥在開發、生產和應用等多個方面與發達國家和地區差距較大，與現代農業發展要求相比也有很大距離，今后應多頭并舉促進發展。具體措施探討如下：
主流品種加快技術提升。蘇云金芽孢桿菌（Bt）是目前微生物殺蟲劑產量最大的品種，它利用基因點突變改變蛋白質結構以改良毒蛋白的活性。其今后開發的重點包括：開發出新的強毒力的毒素基因；開發多毒蛋白基因Bt菌株；開發多種增效劑及與化學農藥混配制劑等，從而克服病蟲抗性增強、殺蟲譜窄、持效期短等缺點。農用抗生素主要品種井岡霉素、瀏陽霉素、阿維菌素等。應重點解決其菌種選育和基因工程改造、發酵過程優化、“三廢”治理、衍生物和混配高效品種的開發等。真菌殺蟲劑主要品種有白僵菌，應通過釋放毒力因子、增加毒性基因拷貝數以及從其他微生物引人毒性基因來增強菌株毒力或擴大寄生范圍。同時應借鑒化工通用新技術，建立和完善白僵菌高效工業化生產技術體系。
應加快新品種創制與應用。隨著化學工業多年發展，化學農藥新結構化合物設計與開發越來越難，成本隨之增加，而微生物農藥利用豐富生物資源篩選與開發的相對費用較低。近年來，國外新型微生物農藥登記方興未艾，因此我國應加快新品種的開發。對于不同品種來說，細菌類殺蟲劑進行新菌種篩選；真菌殺蟲劑應深入殺蟲基因和致病機理研究，尋找新的殺蟲基因；病毒殺蟲劑應利用基因工程技術進行基因重組；微生物殺菌劑應從農用抗生素的開發、研制擴展到在微生物中篩選殺蟲、除草、抗病毒和植物生長調節劑等生理活性物質的研究。值得一提的是，目前我國尚沒有真正應用的微生物除草劑，應借鑒國外發展經驗，重點研究一類利用放線菌生產的抗生素除草劑，另一類是利用病原真菌生產的孢子除草劑。
要強化宣傳推廣和尋求政策支持。目前微生物農藥重研發輕宣傳推廣，因此許多品種開發出來后市場應用較少。我們應借鑒國外跨國公司新型農藥的推廣模式，并利用食品安全和有機生態農業等概念造勢，讓市場認知和接受微生物農藥。此外在尋求相關政策支持方面，微生物農藥環保低碳，應享受國家相關節能減排優惠政策，國家各項科技獎勵基金對于微生物農藥應偏重于傳統農藥。在應用推廣方面，微生物農藥要通過建立示范試驗區、生態有機農業園等多種方面尋求當地政府財政支持與補貼。
須高度重視高效應用過程的完善。微生物農藥的特性有見效慢、質量不穩定和受環境因素影響較大等，因此如何高效應用成為微生物農藥發展中重要一環。生產及流通環節應充分了解微生物農藥生物特性，明確藥劑的作用機理，科學掌握用藥溫度、時間和施用方法等。只要在實際應用中讓農民意識到微生物農藥的好處，市場之門就自然打開。
