目前，生物肥料研發模式仍較為傳統有待改革。
生物肥料在我國開發利用較早，其在改善作物品質、降低成本、提高產量、減少環境污染、改善土壤性質方面具有重要作用。
我國近年生物肥料專利增加較快，個別生物肥料企業已經或即將進入其他國家市場。據統計，截至2011年8月，獲得農業部正式登記的微生物肥料品種有621種，臨時登記的品種有648種。現有生物肥料企業500余家，年產量450萬噸、應用面積666.7萬公頃、產值80億元，在生產中發揮了較大作用。
我國生物肥料的研究開發模式仍較為傳統，以大學、科研單位作為創新主體完成的技術與產品研發無法快速、有效地轉化為企業的產品；我國現有的生物肥料生產企業多數規模較小，設備工藝不足，還沒有成為生物肥料的創新主體。
國家雖然在生物肥料方面實行登記管理制度，但管理力度和有關政策有待完善；生物肥料的宣傳、生產和銷售還沒有很好地結合在一起，農業經營者在生物肥料上的認識還不夠，其銷售比例在全國肥料中比重偏低。
