目前，中國微生物肥料包括微生物菌劑類產品和由菌劑與營養物質復合而成的菌肥類產品兩大類。2007年以來，中國微生物肥料產能和產量穩步增長。其中產能規模從2007年的約630萬噸增加到2011年的840萬噸，預計2012年將達到930萬噸左右。年產量從2007年的約307萬噸增加到2011年的457萬噸，自2007年以來，年均增長率約為10.5%；預計2012年將達到540萬噸左右。
微生物肥料的優勢在于其對農作物產生的綜合生態效應，即能充分利用微生物之間的相互作用，增強功能微生物的作用，抑制病原菌的侵染；充分利用各種有機廢棄物，充分發揮有機、無機和微生物的作用；兼顧改善營養、刺激生長、增強抗病性、提高抗逆性、除草、提高產量和改善品質等多種功效。
但微生物肥料不能完全替代傳統化肥，只是后者的有益補充，促進作物更高效的吸收利用化肥。而微生物肥料產品價格普遍偏高（與同養分濃度的化肥產品相比，高出50%甚至100%以上），這使得微生物肥料在種植收益較低的糧食作物領域并不占有優勢。此外，微生物肥料的功效已得到人們的認可，但還缺乏足夠的穩定性，也是導致其競爭力減弱的一個重要原因。
在生產工藝和產品定位層面，微生物肥料是最為混亂的新型肥料市場之一。主要表現在：產品中所用的微生物分類地位不明；微生物肥料中需要加入大量基質（即載體），但究竟是基質還是特定微生物起到肥效作用，目前尚無定論；微生物容易產生變異，經過長期使用，不斷的傳代，會失去某些優良性狀而產生退化現象；目前微生物肥料沒有統一的檢測方法，特別是對菌種的測定、活菌數量的檢測，費時、費力、精確度不高，影響誤差因素較多。
上述問題使得微生物肥料的行業風險極易被放大，尤其是對于在技術相對領先的企業，將面臨假冒偽劣產品的惡性競爭。
