縱觀我國微生物肥料的發展，1995年全國的年產量是10-40萬噸，到了2006年，我國微生物肥料生產企業發展到500個以上，登記的產品511個，年產量約500萬噸。截止到2009年9月統計的數據顯示，微生物肥料正式登記產品401個，臨時登記產品407個，總計808個。
從微生物肥料全國市場分布是不均勻的，北京分布最多，其次是山東。另外，在獲得農業部正式登記的微生物肥料產品的組成中，占得比例最多的是微生物菌劑類的產品，再有就是生物有機肥類和微生物肥料類，以上三類產品占了全部的70%-80%。臨時登記的產品組成更能說明問題，微生物菌劑類、生物有機肥類和復合微生物肥料類占了主體，其中復合微生物肥料類占得比例相對多了。具體分析微生物肥料的發展趨勢，有幾個方面值得關注：
首先是采用現代技術開發新的優良微生物菌株。這兩年微生物菌肥發展得好，關鍵就是微生物菌株發生了重大變化。和以前不一樣，在功能菌株菌群的組合利用以及微生物肥料生產工藝和設備的改進，尤其是吸附劑滅菌技術的改進方面都發生了變化。
其次是專用型微生物肥料的開發，這可能是今后的重點。還有劑型多元化的微生物肥料的開發、生物有機肥的大規模開發應用、微生物肥料新型吸附劑的開發以及微生物肥料貨架期延長技術的重點研究。
第三是生產和銷售的規模化。到2007年我國農作物播種面積為15346.4萬公頃，其中蔬菜、果樹種植面積達2780.0萬公頃，若有50%的蔬菜、果樹使用微生物肥料，平均用量300公斤/公頃，10%的其他農作物使用微生物肥料，平均用量75公斤/公頃，那么微生物肥料的潛在需求量為1360萬噸/年，目前的產量遠遠不能滿足需要，要努力實現生產和銷售的規模化，才能滿足微生物肥料市場潛力2000萬噸以上的要求。
