以企業為主體的商業化育種新機制實施兩年來進展緩慢。兩會期間，來自種業界的一些全國人大代表在分析原因時指出，當前商業化育種面臨兩大問題：一是育種的商業性和公益性在實踐中難以劃分，科研院所退出商業化育種領域存在實際困難；二是受傳統育種科研體制制約，民族種企短期內還難以扮演種業創新的主體角色。
2011年，國務院頒發的《關于加快推進現代農作物種業發展的意見》提出建立以種子企業為主體的商業化育種機制，要求科研院校退出商業化育種領域，轉向公益性和基礎性研究。
全國(guo)人大代表、河南農科院小麥(mai)研(yan)究所所長許為剛說，《意見》進行(xing)這(zhe)樣的(de)(de)(de)(de)功能劃分(fen)，初衷是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)為了(le)解決科研(yan)體制存在(zai)(zai)的(de)(de)(de)(de)弊(bi)端，加(jia)快(kuai)發(fa)(fa)展中國(guo)種(zhong)(zhong)業(ye)，應(ying)對(dui)國(guo)外(wai)種(zhong)(zhong)企咄(duo)咄(duo)逼(bi)人的(de)(de)(de)(de)態勢(shi)，這(zhe)種(zhong)(zhong)劃分(fen)符合國(guo)際潮流，對(dui)種(zhong)(zhong)業(ye)發(fa)(fa)展是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)必(bi)(bi)要的(de)(de)(de)(de)。但是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)在(zai)(zai)實踐中，育(yu)(yu)(yu)種(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)商(shang)業(ye)性(xing)和(he)公益(yi)性(xing)難以區分(fen)。育(yu)(yu)(yu)種(zhong)(zhong)是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)以產品創造為目標的(de)(de)(de)(de)應(ying)用科學，公益(yi)性(xing)和(he)商(shang)業(ye)性(xing)之間存在(zai)(zai)必(bi)(bi)然聯系。更(geng)重要的(de)(de)(de)(de)是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)，現(xian)代生物育(yu)(yu)(yu)種(zhong)(zhong)不僅是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)要揭(jie)示某(mou)種(zhong)(zhong)自然規律，而(er)且還要獲(huo)得知識(shi)產權。可以設想(xiang)，如果沒有知識(shi)產權，將來(lai)搞(gao)育(yu)(yu)(yu)種(zhong)(zhong)就會面(mian)臨無米之炊的(de)(de)(de)(de)尷尬局面(mian)。在(zai)(zai)這(zhe)個意義上，基礎性(xing)研(yan)究又是(shi)(shi)(shi)(shi)(shi)商(shang)業(ye)性(xing)研(yan)究。
除了育種(zhong)(zhong)科(ke)學(xue)本身的特殊性外(wai)，基(ji)于中國(guo)(guo)(guo)種(zhong)(zhong)企(qi)整體(ti)實力落(luo)后的現狀，一些代(dai)(dai)表(biao)認為，民(min)族種(zhong)(zhong)企(qi)要承(cheng)擔起育種(zhong)(zhong)創(chuang)新主(zhu)體(ti)的重(zhong)任(ren)尚需時日。全國(guo)(guo)(guo)人大代(dai)(dai)表(biao)、安徽省宿(su)州農科(ke)院副研究員楊杰表(biao)示，做大、做強企(qi)業是國(guo)(guo)(guo)家針對國(guo)(guo)(guo)外(wai)種(zhong)(zhong)企(qi)逐步(bu)占領中國(guo)(guo)(guo)市(shi)場(chang)的嚴峻局面而采取的科(ke)學(xue)措(cuo)施，但因中國(guo)(guo)(guo)多年(nian)來育種(zhong)(zhong)工作一直由科(ke)研院所(suo)承(cheng)擔，種(zhong)(zhong)企(qi)僅負責市(shi)場(chang)銷(xiao)售，如果科(ke)研院所(suo)現在完全從(cong)商(shang)業化(hua)育種(zhong)(zhong)領域退出，種(zhong)(zhong)企(qi)短期內難以(yi)成長為創(chuang)新主(zhu)體(ti)。
全國(guo)人(ren)大(da)代表、冠豐種(zhong)業(ye)董(dong)事(shi)長方才臣則認為(wei)(wei)(wei)，建(jian)立以(yi)企(qi)業(ye)為(wei)(wei)(wei)主(zhu)體、以(yi)市場為(wei)(wei)(wei)導(dao)向(xiang)、產學研相結合的(de)技術創新體系是未來種(zhong)業(ye)發展的(de)必然方向(xiang)，而要讓(rang)企(qi)業(ye)成為(wei)(wei)(wei)創新主(zhu)體，關鍵(jian)是要制定政(zheng)策，讓(rang)資金、項(xiang)目(mu)和(he)人(ren)才向(xiang)企(qi)業(ye)流(liu)動(dong)。他(ta)說，目(mu)前(qian)社會有一(yi)種(zhong)不(bu)(bu)好的(de)現(xian)象，就是大(da)家(jia)都不(bu)(bu)愿(yuan)意到企(qi)業(ye)來，而在國(guo)外，很多尖端人(ren)才都集(ji)中在企(qi)業(ye)。以(yi)美國(guo)孟山都為(wei)(wei)(wei)例(li)，一(yi)個公司擁有兩位諾貝爾獎獲得者。此外，他(ta)還建(jian)議，政(zheng)府在資金扶持上不(bu)(bu)能像過去撒胡椒面(mian)似的(de)面(mian)面(mian)俱到，要重點投放，因為(wei)(wei)(wei)分散(san)只能帶來低(di)水平的(de)重復，難以(yi)將種(zhong)業(ye)做精、做細。
