肥料結構不合理是中國化肥應用過程中存在的突出問題，主要表現在重化肥，輕有機肥和微生物肥料；重氮肥，輕磷鉀肥；重大量元素，輕中微量元素。當前，化肥的不合理使用已經影響到生態環境和食品安全，而微生物肥料已成為解決前述問題、發展綠色農業不可或缺的產品。
微生物肥料又稱為菌肥和生物肥料，用于包衣稱為菌劑，將微生物制劑和有機物(畜禽糞便等)或有機、無機肥料按一定工藝混合制造，稱為生物肥料，或簡稱菌肥。微生物肥料的作用主要體現以下方面：一是培肥地力，提高化肥利用率；二是抑制農作物對重金屬和農藥殘留的吸收；三是凈化修復土壤，降低農作物病害發生；四是促進農作物秸稈腐熟利用，保護農田環境；五是提高農產品品質和保障食品安全。
微生物肥料企業目前總數超過850家，年產量在850萬噸左右，截至2014年3月，獲得農業部登記的微生物肥料數量是1824個。目前，中國微生物肥料 標準體系基本建成，核心企群已經形成，已成為生物產業的重要組成部分。
作為生態肥料的一種，微生物肥料已經進入全面發展的機遇期。2011年10月，國家發改委等五部委聯合發布《當前優先發展的高技術產業化重點領域指南》， 提出新型高效生物肥料14項重點技術，主要包括：區域型工農業廢棄物、城市生活垃圾治理及生產高效多功能生物肥料技術；快速腐熟秸稈生物技術；高效溶磷生物肥料技術；耐銨固氮生物肥料技術；高效解鉀生物肥料技術；長殘留除草劑降解生物肥料技術；肥料緩釋技術；土壤保水抗旱生物肥料技術；連作障礙防治生物肥料技術；果園專用肥料及其使用技術；等等。
