在煙草種植過程中，農藥的安全合理使用是煙草病蟲害綜合防治中的重要手段。安全合理使用農藥不但可以充分發揮農藥防治煙草病蟲害的效果，而且能最大限度地降低農藥使用量、降低防治成本，更能有效保證煙葉中農藥殘留低于國家或國際上規定的農藥殘留標準，從而使煙葉更優質、安全。
因此，結合煙草作物生長特點，在使用農藥時應采取對癥、適時、適量、均勻、輪換、科學混配等方法。
對癥施藥
農藥的品種很多，藥效特點不同。因此，在對煙草作物用藥前，必須分清煙草作物發生的是什么病蟲害，選擇對癥的農藥品種，否則，不但影響防治效果，增加防治成本，而且可能造成煙葉農藥殘留量增多。如目前煙草作物上不少生理性病害被誤認為侵染性病害，采用殺菌劑防治，對病蟲害起不到防治效果。
適時施藥
煙草的施藥期應根據煙草病蟲害的發生期及煙草生育期而定，切不可盲目施藥。一般根據當地煙草病蟲害預測預報部門提供的病蟲發生情報，結合田間病蟲發生調查，在病蟲發生初期進行防治。不少地方的煙農因具有恐病、恐蟲等心理，不論煙草有病無病、有蟲無蟲，三天兩頭施藥，結果，不僅費工費時，增加成本，還影響了煙草作物生長。對這種現象，應當及時加以制止。
適量施藥
在對煙草噴施農藥時，必須根據使用說明書推薦用量使用，不可隨意增減，否則將造成煙草藥害或影響防治效果。一般先按說明書上藥量的下限用藥，隨著藥劑使用年限增加，再增加到說明書上用藥量的上限使用。
均勻施藥
藥劑只有均勻地噴灑在煙草或病蟲表面，才能取得良好的防治效果。因此，施藥時，必須考慮病蟲害的發生特點和藥劑的使用特性，確保病蟲全面接觸藥劑。如煙草發生葉斑類病害，噴灑藥劑時，應注意上下葉片、葉片正反面都要均勻噴灑到。
輪換施藥
對一種煙草病蟲害長期反復使用一種農藥，很容易使這類病蟲害對這種農藥產生抗藥性，久而久之，使用這種農藥就無法控制和預防這類病蟲的危害。因此，輪換、交替使用農藥，對防治對象使用作用不同的農藥，可以避免煙草病蟲產生抗藥性。
嚴格按安全間隔期采收
安全間隔期是指農藥安全使用標準所規定的某種農藥在作物上最后一次施藥距收獲的天數，主要為保證收獲時農藥殘留量能降到允許的含量以下。因此，在煙草采摘收獲前的一段時間內，禁止使用農藥。如煙草病蟲害發生面積大，而且確實需要噴施農藥，應延長煙草采摘收獲時間，達到安全間隔期。
科學混用農藥
目前，農藥在使用過程中，混配交叉使用的現象非常普遍。合理科學地混用農藥，可以提高防治效果，延緩或抑制煙草病蟲產生抗藥性，兼治不同種類的病蟲，節省人力和用藥量，降低成本和毒性，增強對人、畜以及周邊環境的安全性。如有機磷類殺蟲劑與擬除蟲菊酯類殺蟲劑的混用等。但并非所有農藥都可以混用，遇堿分解的農藥不能與堿性較強的農藥混用。有些農藥在混合后會產生物理或化學變化，對混合后藥效降低或產生藥害的農藥則不能混用。
一般禁止在田間自行隨意混配藥劑，農藥混配交叉使用需經過專業技術人員進行試驗，待證明效果明顯、無副作用時，再總結推廣使用。
