1999年，財政部經國務院批準下發通知，規定國家計劃內進口的鉀肥、磷酸二銨、復合肥等免征進口環節增值稅，對進口氮肥照章征收進口環節增值稅。隨后，海關總署下發通知，財政部和國家稅務總局聯合下發通知，對如何辦理免稅手續問題作了補充規定。
2001年7月20日，為更好地支持農業生產發展,經國務院批準，財政部和國家稅務總局聯合發布通知，將免征增值稅的化肥品種擴大為生產銷售除尿素以外的氮肥、除磷酸二銨以外的磷肥、鉀肥以及免稅化肥為主要原料的復混肥（企業生產復混肥產品所用的免稅化肥成本占原料中全部化肥成本的比重高于70%）。另外，對生產銷售的尿素統一征收增值稅，并在2001、2002年兩年內實行增值稅先征后退的政策。2001年對征收的稅款全額退還，2002年退還50%，自2003年起停止退還。2004年，鑒于當時的尿素需求形勢，財政部和國家稅務總局規定，自2004年1月1日至2004年12月31日，對尿素生產企業生產銷售的尿素產品，執行先按規定征收增值稅，后按實際繳納增值稅額返還50％。
為了更好地增加國內化肥的供應量，減少化肥出口，2005年12月29日，財政部、國家稅務總局、 國家發展和改革委員會聯合下發通知，停止對尿素、磷酸二銨和磷酸一銨的出口退稅。2006年，發改委價格文件規定，繼續暫停對尿素、磷酸二銨、磷酸一銨的出口退稅；繼續對尿素出口征收季節性暫定關稅，1~9月按30%的稅率、10~12月按15%稅率計征尿素出口季節性暫定關稅。
總之，稅收政策是調整化肥流通體系健康發展的重要舉措，由于化肥特殊的農資產品屬性，稅收政策主要以減免各項費用為主要目的，在必要的時候也為政府對化肥市場進行指導服務。
運輸政策的歷史演變
運輸政策的產生。在早期的分配政策和價格政策中包含了關于化肥運輸方面的規定，從開始的運費定額到運價機制都有零星的說明，但是真正將化肥運輸通過政策來規范，最早出現在上世紀80年代初期到1988年的化肥價格“雙軌制”時期。 （未完待續）
